در پی شهادت دکتر محسن فخری‌زاده از دانشمندان صنعت دفاعی شورای نگهبان پیام تسلیتی صادر کرد.
متن این پیام بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
مِنَ الْمُؤْمِنِینَ رِجَالٌ صَدَقُوا مَا عَاهَدُوا اللَّهَ عَلَیْهِ فَمِنْهُمْ مَنْ قَضَیٰ نَحْبَهُ وَمِنْهُمْ مَنْ یَنْتَظِرُ وَمَا بَدَّلُوا تَبْدِیلًا
بار دیگر تروریست‌های مزدور و کوردل وابسته به بیگانگان و رژیم جعلی و منحوس صهیونیستی که چشم دیدن پیشرفت ایران اسلامی را ندارند یکی از دانشمندان دفاعی این مرز و بوم را به شهادت رساندند.
دست جنایتکارانه دشمنان انقلاب اسلامی با هدف ضربه زدن به حرکت و جهاد علمی ره به جایی نخواهد برد و بی‌گمان همت دانشمندان و استادان و دانش‌پژوهان کشور این انگیزه‌ی خباثت آلود را ناکام گذاشته و راه شهید دکتر محسن فخری‌زاده ادامه خواهد یافت.
شورای نگهبان ضمن تبریک و تسلیت شهادت این دانشمند صنعت دفاعی به رهبر معظم انقلاب اسلامی همسنگران و همکاران ایشان علوّ درجات آن شهید سعید و صبر و اجر بازماندگان را از خداوند متعال مسألت می‌نماید.
کدخدایی: برای پایان بخشیدن به اینگونه جنایت‌ها باید موضوع ازطریق مجامع بین المللی پیگیری شود
عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان در صفحه شخصی خود در این باره نوشت: ترور شهید فخری زاده و دیگر دانشمندان هسته‌ای توسط عوامل جنایت کار صهیونیست‌ها نیازمند پاسخی قاطع و سریع است.
ضمن اینکه برای پایان بخشیدن به اینگونه جنایت‌ها لازم است موضوع از طریق مجامع بین المللی پیگیری شود تا علاوه بر مجازات عاملان از وقوع جنایت‌های احتمالی آینده پیشگیری گردد.
