علی اکبر ولایتی مشاور مقام معظم رهبری در امور بین‌الملل در بیانیه ای شهادت محسن فخری‌زاده را تسلیت گفت و این اقدام تروریستی را محکوم کرد.
متن پیام بدین شرح است:
ترور کوردلانه و ناجوانمردانه رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع که از دانشمندان برجسته کشور محسوب می‌شد بار دیگر دشمنی و خباثت بدخواهان این ملت و نظام را برملا کرد که برای دستیابی به اهداف و توطئه‌های شوم خود شخصیت‌های دانشمند و علمی را ترور و به شهادت می‌رسانند.
قطعاً دشمنان ملت ایران که در اجرای سیاست‌های تحریم و فشار حداکثری ناکام مانده‌اند از خشم و عصبانیت به این گونه اقدامات بزدلانه و رذیلانه روی آورده‌اند.
مسببان پیدا و پنهان ترور شهید فخری‌زاده در انتظار انتقام ملت ایران باشند چنین اقداماتی هرگز نمی‌تواند استواری ملت ایران را در راه مقاومت و شکست توطئه‌های دشمن جنایتکار و دستیابی به توسعه و پیشرفت علمی متوقف نماید و ملت ایران انتقام خون این شهید والامقام را از عوامل تروریست و حامیان آنان خواهد گرفت.
